水環境檢測中，地下水與地表水的評價標準、采樣方法、保存條件截然不同。地表水執行《地表水環境質量標準》，分Ⅰ至Ⅴ類；地下水執行《地下水質量標準》，同樣分五類，但限值普遍更嚴。

地表水采樣要考慮垂向和橫向分布。河流應在主流線上取樣，湖泊水庫需分表層（水面下0.5m）、中層和底層（底泥上0.5m）。溶解氧、pH、水溫等參數需現場測定，因為樣品運輸過程中這些指標會變化。用便攜式多參數分析儀現場讀數，記錄時間、水溫、天氣。

地下水采樣最大難點是洗井。在監測井中，停滯在井管內的水不代表含水層真實水質，必須先用潛水泵或貝勒管抽出3-5倍井管容積的水，待電導率、濁度、pH穩定后再采樣。很多人圖省事直接舀井口水，得到的是被井管材質溶出物和表面落塵污染的數據，毫無意義。

揮發性有機物采樣時，水樣必須充滿樣品瓶不留頂空，否則低沸點物質揮發損失。重金屬樣品則需加酸固定至pH<2。對比下來，地表水側重富營養化指標（總磷、總氮、葉綠素），地下水更關注硬度、三氮和重金屬，反映了不同的污染來源和遷移規律。